农村合作医疗的报销流程如下：

1. 门诊医疗费用报销 ：

• 定点医疗机构就诊 ：参保人在定点的乡镇卫生院、村卫生室、社区卫生服务中心等基层医疗机构就诊时，可以使用农村合作医疗报销部分门诊费用。直接凭借医保卡或身份证进行挂号和结算，系统会自动计算报销金额，参保人只需支付个人自付部分。

• 门诊统筹报销 ：许多地区实行门诊统筹制度，设定一定的报销比例和年度报销限额。例如，有的地区门诊统筹报销比例为50%，年度报销限额为几百元不等。报销范围通常包括普通门诊诊查费、治疗费、药品费等符合基本医疗保险支付范围的费用。

2. 住院医疗费用报销 ：

• 办理住院手续 ：当参保人因病需要住院治疗时，在定点医院的住院收费处出示医保卡或身份证、农村合作医疗证等相关证件，办理住院登记手续。医院会核实参保人的身份信息和医保参保情况。

• 缴纳住院押金 ：根据医院的要求，参保人通常需要缴纳一定数额的住院押金。住院押金在出院结算时会根据实际医疗费用和报销情况多退少补。

• 住院治疗期间 ：在住院治疗过程中，医院会按照医保规定的诊疗项目和药品目录为参保人提供医疗服务。使用医保目录内的药品、诊疗项目和医疗服务设施，可享受医保报销。

• 出院结算 ：出院时，参保人到医院的出院结算窗口办理结算手续。医院会出具住院费用清单和结算单，系统会自动计算农村合作医疗可报销的金额。报销比例根据医院的等级和费用分段有所不同。

3. 异地就医报销 ：

• 开具转诊证明 ：如果需要在市外定点医疗机构住院，参保人需要先在原医院开具转诊证明，并到当地社保局、医保管理部门办理跨省就医手续。

• 垫付费用 ：在异地就医时，参保人可能需要先行垫付医疗费用，然后在出院时直接报销。

• 报销申请 ：参保人需要在规定时间内，携带相关就医资料（如住院发票、费用清单、出院小结等）到户籍所在地的乡镇卫生院或合管办办理报销申请。

4. 报销所需材料 ：

• 身份证或户口簿原件及复印件

• 新农合医保卡

• 门诊病历、出院小结原件及复印件

• 医疗费用原始收据

• 费用明细清单

• 若委托他人办理报销的，需提供受托人的身份证及复印件

5. 报销比例 ：

• 门诊报销比例 ：村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，镇卫生院就诊报销40%，二级医院就诊报销30%，三级医院就诊报销20%。

• 住院报销比例 ：镇卫生院报销60%，二级医院报销40%，三级医院报销30%。

建议：

• 参保人应提前了解当地的具体报销政策和比例，以便更好地享受医保待遇。

• 在异地就医前，务必办理好转诊手续，并了解当地的报销流程和所需材料，以免影响报销。