低位肛瘘手术一般来讲痛苦不大，不会牵扯到太多的肛门部的肌肉。一般低位肛瘘都是位于括约肌之间或者皮下的简单的瘘管，这些瘘管可以做切开，或者做瘘管的剔除、切除等等，一般来讲痛苦并不大。
在这个过程中可能要牵涉到部分的括约肌，尤其是外括约肌的皮下部、少量的外括约肌的浅部、内括约肌，这些括约肌一旦被切开以后，对大便的控制没有特别大的影响，但是能够缓解肛门括约肌的痉挛。
所以低位肛瘘手术跟痔疮手术不一样，痔疮手术往往造成术后括约肌痉挛的疼痛。
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