农村合作医疗一档和二档在报销方面存在多方面区别，以下以一些地区为例为你介绍：
- 报销比例
- 烟台：一档在实施基本药物制度的一级医院住院医疗费用按 90% 支付（基本药物按 90% 支付），在未实施基本药物制度的医院住院的按 70% 支付，二级医院按 58% 支付，三级医院按 45% 支付。二档一级医院按 90% 支付（基本药物按 90% 支付），二级医院按 72% 支付，三级医院按 60% 支付。
- 某地区：一档参保人在三级医院、二级医院、一级医院政策范围内的报销比例分别为 50%、70%、80%。二档参保人在三级医院、二级医院、一级医院政策范围内的报销比例分别为 55%、75%、85%。未成年人在上述基础上相应提高 5 个百分点。
- 报销限额
- 某地区：一档报销限额为 8 万元 / 人・年，二档报销限额为 12 万元 / 人・年。
- 雄安新区：一档封顶线为 20 万元，二档为 25 万元。
- 门诊报销
- 雄安新区：普通门诊一档起付线为 50 元，封顶线为 200 元；二档不设起付线，封顶线为 400 元，报销比例均为 50%。
- 烟台：自 2024 年 10 月起，参保居民在指定的定点社区卫生服务中心或乡镇卫生院就医发生的符合规定的门诊医疗费，由普通门诊统筹基金按 65% 的比例支付，实行限额管理。参保居民年最高支付限额一档缴费为 200 元，二档缴费为 350 元。
- 住院起付线
- 雄安新区：乡镇卫生院（社区服务中心）起付线为 100 元，一级医疗机构为 300 元，二级医疗机构为 600 元，三级医疗机构一、二档起付线分别为 2000 元、1800 元。
- 烟台：一级医院 300 元，二级医院 500 元，三级医院 800 元。第二次住院治疗的，起付线标准降低 50%；第三次及以上住院治疗的，起付线标准每次均按 100 元执行。恶性肿瘤患者，在一个医疗保险年度内因放、化疗多次住院的，只扣一次起付线。
不同地区的农村合作医疗一档和二档报销政策存在差异，具体的报销区别以当地医保部门公布的政策为准。