医保一档和二档在报销病种上的区别主要体现在以下几个方面：
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门诊特定病种分类及报销比例
- 医保一档：门诊特定病种分为一类和二类。一类门诊特定病种通常包括心脏移植术后抗排异治疗、肺脏移植术后抗排异治疗、肝脏移植术后抗排异治疗等重特大疾病，其待遇与医保连续缴费年限有关，最高报销额度较高（如深圳为199万），报销比例也相对较高（如深圳职工基本医疗保险一档参保人支付比例为60%至90%）。而二类门诊特定病种则包括高血压病、糖尿病、慢性阻塞性肺疾病、冠心病、脑血管疾病后遗症等常见慢性病，报销比例相对较低（如深圳职工基本医疗保险一档参保人除高血压、糖尿病在签约家庭医生支付比例为90%外，其他二类门特病种支付比例为80%）。
- 医保二档：门诊特定病种同样分为一类和二类。一类门诊特定病种的报销政策与一档类似，但二类门诊特定病种的报销比例通常低于一档，如重庆职工医保二档的报销比例为一级及以下定点医疗机构报销比例为85%、二级定点医疗机构为65%、三级定点医疗机构为45%。
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特殊疾病门诊报销
- 医保一档：对于特殊疾病中的重大疾病门诊医药费用，报销实行与住院相同的报销比例，且起付线等规定也与住院报销相衔接。
- 医保二档：部分地区的医保二档可能对特殊疾病门诊报销设有起付线或报销比例限制，具体政策因地区而异。
医保一档和二档在报销病种上的区别主要体现在门诊特定病种的分类、报销比例以及特殊疾病门诊报销等方面。在选择医保档次时，建议根据自身经济状况、健康状况以及当地医保政策等因素进行综合考虑。