工会经费中40%被扣是因为根据相关法律法规和工会组织的规定，企业需将工会经费按比例上缴至上级工会组织。具体原因如下：

一、法定比例与用途

1. 提取比例

   工会经费一般按工资总额的2%提取，其中：

   • 40% 需上缴上级工会组织；

   • 60% 留存在企业账户，用于职工福利和工会活动。

2. 法律依据

   《中华人民共和国工会法》及《企业所得税法实施条例》明确规定，企业拨缴的工会经费，不超过工资薪金总额2%的部分准予在税前扣除，超出部分不得扣除。

二、企业责任与职工权益

1. 企业负担原则

   工会经费属于企业依法应承担的社会责任，用于支持工会开展活动、维护职工权益，因此应由企业全额承担，不得转嫁给职工个人。

2. 职工权益保护

   通过规范经费管理，确保工会活动正常开展，促进劳资关系和谐。若企业拒绝依法缴纳或少缴，可能面临法律风险。

三、税务处理要求

1. 扣除凭证

   企业需提供工会经费缴纳时的合法收据，否则无法在税前扣除。

2. 违规后果

   若企业擅自减少或拒绝缴纳，可能面临税务机关处罚，并影响企业信用记录。

总结

40%的工会经费被扣是依法履行企业义务的表现，旨在保障工会职能和职工权益。若对扣除金额有疑问，建议通过企业财务部门或税务机关核实具体计算依据。