福州门诊特殊病种申请流程主要包括以下步骤：
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选择定点医院：参保人员需前往具有认定资质的定点医疗机构进行申请。不同的病种有相应的认定医院级别要求，例如高血压病、糖尿病由乡镇卫生院及以上级别医院认定；苯丙酮尿症由省妇幼保健院认定；重性精神病由定点精神病专科医院认定；抑郁症、帕金森病由三级定点医院认定；门诊危重病抢救的病种由各级医疗机构认定；其余门诊特殊病种由二级及以上定点医院相关科室主治及以上医师认定。
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填写申请表并审核：在选定的定点医院，由具备相应专科主治及以上职称的医生填写《门诊慢特病病种待遇认定申请表》，并经定点医院审核盖章。
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提交申请材料：线上可通过“福建医疗保障”小程序、“闽政通”APP、“e福州”APP等渠道进行申请。进入相应小程序或APP后，点击“业务经办”中的“门诊慢特病病种申请”，按要求填写基本信息和申请信息，并上传特殊病种申请表和出院小结或诊断证明书等材料，然后点击“保存”即可完成申请。线下则需参保人员携带本人社会保障卡、经二级以上医保定点医疗机构临床确认后提供的原始病历、就诊原始病历、检查报告单、化验单、出院小结等材料，到医保中心服务大厅窗口办理。
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医保机构审核认定：医保经办机构收到申请后，会对提交的材料进行审核。对于符合条件的，予以登记备案，参保人员即可享受门诊特殊病种待遇。
福州门诊特殊病种申请需先选对应资质医院，医生填表审核后，可线上通过相关 APP 或线下携材料至医保中心窗口提交申请，经医保机构审核通过即完成申请。