重庆农村合作医疗报销比例根据就诊类型和医疗机构等级有所不同，具体如下：
一、门诊报销比例
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普通门诊
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村卫生室/村中心卫生室：60%
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乡镇卫生院：40%
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县级医院：30%
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特殊门诊
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重大疾病门诊：按住院政策报销（具体比例未明确，需结合住院政策）
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慢性病门诊：60%-80%（年报销限额1000元/人）
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二、住院报销比例
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乡镇卫生院 ：60%
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二级医院 ：40%
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三级医院 ：30%
三、其他注意事项
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起付线标准
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乡镇卫生院：30元/次
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县级医院：200元/次
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市级医院：500元/次
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省级医院：700元/次
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年累计报销限额
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一档：8万元
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二档：12万元
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大病补偿
- 超过5000元部分分段补偿：5001-10000元65%，10001-18000元70%
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新农合与城乡居民医保差异
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新农合门诊无起付线，年累计限额25元/人
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城乡居民医保门诊年报销限额300元（一档）或500元（二档）
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四、异地报销比例
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本地医疗机构 ：与本地报销比例一致
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异地定点医院 ：起付线1000元，报销比例45%
以上信息综合了2020-2025年重庆农村合作医疗政策，具体执行以当年官方文件为准。