职工医保一档和二档在报销方面存在多方面区别，以深圳和重庆为例，具体如下：
深圳
- 住院报销比例：
- 医保一档：参保人在一级以下医院、二级医院、三级医院住院报销比例分别为 94%、92%、90%。
- 医保二档：参保人在一级以下医院、二级医院、三级医院住院报销比例分别为 92%、91%、90%。
- 门诊报销：
- 医保一档：设有个人账户，个人缴纳的部分会划入个人账户，可用于药店买药、体检、预防接种等。门诊报销额度为年 9934 元，且没有使用限制。
- 医保二档：没有个人账户，门诊报销额度为年 2471 元，且需要去指定社康医院才能使用。
重庆
- 门诊统筹：
- 医保一档：在职人员年度支付限额 800 元 / 年，退休人员 1200 元 / 年。
- 医保二档：在职人员年度支付限额 3000 元 / 年，退休人员 4000 元 / 年。
- 门诊特病：
- 医保一档：参保人员门诊特病病种有 4 种，分别是恶性肿瘤的放疗、化疗、镇痛治疗；肾功能衰竭病人的透析治疗；肾脏移植术后的抗排异治疗；血友病。
- 医保二档：参保人员门诊特病病种目前为 25 种，相比一档更为丰富，涵盖了多种慢性疾病和重大疾病，如糖尿病 1 型、2 型；系统性红斑狼疮；高血压病；冠心病等。
- 住院报销：重庆职工医保一档、二档参保人员在住院报销范围、比例是一致的。在三级医院、二级医院、一级医院政策范围内的报销比例分别为：在职职工 85%、87%、90%，退休职工统一为 95%。起付线为一级医院 200 元、二级医院 440 元、三级医院 880 元。
需要注意的是，不同地区的职工医保一档和二档报销政策存在差异，具体报销区别以当地医保政策为准。