新农合康复训练的报销比例会受到多种因素的影响，如患者所在地区、就诊医疗机构的等级、具体的康复治疗项目以及是否属于大病医保范围等，以下是大致情况：
- 按康复项目分：自 2013 年 8 月 1 日起，脑瘫肢体综合训练、作业疗法、按摩、针灸等 4 项医疗康复治疗项目已纳入新农合报销项目范围，报销比例为 30%，每月结算一次，人均总费用封顶线为 3.6 万元 / 年，不设起付线。
- 按医疗机构等级分
- 门诊报销比例：村卫生室和村中心卫生室为 60%，卫生院为 40%，二级医院为 30%，三级医院为 20%。
- 住院报销比例：一级医疗机构住院费用在 400 元以下者不设起付线，补助比例为 75%；二级医疗机构补助比例为 75% - 80%；三级医疗机构补助比例为 55% - 60%。
- 按大病医保分：新农合大病医保对于特定的大病如儿童先心病、肺癌等，新农合补助病种定额力争达到 70%。
部分地区有特殊规定，如安徽省霍山县规定，参合残疾人的假肢和助听器等补偿比例为 50%（不设起付线），参合 10 周岁以下苯丙酮尿症患儿定点治疗费用补偿比例为 50%。泸溪县对纳入国家、省、州残联 0 - 6 岁抢救性康复项目的脑瘫患儿，在州三级医院、二级医院和定点康复机构治疗康复的，新农合每例每年分别定额报销 8500 元、7500 元。