农村合作医疗（新农合）的住院报销比例因医疗机构级别、地区政策等因素有所差异，具体如下：
一、不同级别医疗机构报销比例
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乡镇卫生院/一级医院
- 报销比例：60%-85%（多数地区2025年调整后达75%以上）
- 起付线：0-400元（部分地区无起付线或设定200元以下免赔额）
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县级医院/二级医院
- 报销比例：70%-80%（2025年政策调整后普遍不低于70%）
- 起付线：300-500元（费用分段报销时，300元以上部分比例更高）
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市级医院/三级医院
- 报销比例：55%-60%（部分政策调整后上限达60%）
- 起付线：500-700元（部分需扣除700元后按比例报销）
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省级医院/省外医院
- 报销比例：50%-55%（部分区域上限提高至55%）
- 起付线：1000元及以上（费用越高报销比例可能分段提高）
二、其他影响因素
- 费用分段与封顶线：部分政策按费用分段计算报销，如乡镇卫生院0-300元报销40%，300元以上报销55%；年度个人补偿总金额封顶线一般为6万元，大病医保上限可提高至60万元。
- 药品与诊疗目录：甲类药品全额报销，乙类按比例报销，丙类可能不报；检查费、手术费设单次限额（如200元）。
- 特殊病种：慢性病（高血压、糖尿病）和重大疾病（癌症）报销比例更高，部分门诊费用纳入报销。
三、注意事项
- 地区差异：各地政策可能存在调整（如部分乡镇卫生院报销达85%），建议就医前咨询当地医保部门。
- 异地就医：需提前备案，报销比例可能低于本地就医，但2025年起支持异地直接结算。
以上数据综合了2025年政策调整后的最新信息，具体以参保地实际规定为准。