住院花费5万元人民币通过合作医疗能够报销的金额取决于多个因素，包括所参加的合作医疗保险类型（如新型农村合作医疗或城镇居民基本医疗保险）、所在地区的具体政策、治疗的具体情况以及就医医院的级别等。下面我将基于不同的保险类型和地区政策来详细说明可能的报销情况。

新型农村合作医疗（新农合）

对于新型农村合作医疗，报销比例和起付线会根据医疗机构的不同级别有所变化。例如，在一些地区，二级医院的起步线可能是460元，自付30%，报销70%；而在三级医院，起步线可能是700元，自付40%，报销60% 。这意味着如果是在二级医院住院花费了5万元，理论上可以报销大约34,678元（即(50,000 - 460) * 70%）。而在三级医院，则可能只能报销约29,580元（即(50,000 - 700) * 60%）。

也有报道指出，在某些情况下，即使总费用达到5万元，实际报销金额也可能远低于上述计算值。例如，有案例显示，由于限额支付等因素的影响，农民最终仅能获得1.5万元的报销，尽管按照理论上的报销比例应为80% 。这表明，具体的报销金额还需考虑是否存在封顶线或其他限制条件。

城镇职工/居民基本医疗保险

如果是城镇职工或居民使用基本医疗保险进行报销，情况则有所不同。在某些地区，当住院费用超过40,000元但不超过100,000元时，职工医保可以报销高达95%的住院费用 。这意味着在这种情况下，5万元的住院费用最多可以报销47,500元。

值得注意的是，不同地区对于起付标准的规定也存在差异。例如，在某些地方，一个自然年度内首次住院的起付标准是1,300元，之后每次住院的起付标准降低至650元 。实际可报销金额还需要扣除相应的起付标准后，再按照规定的比例计算。

其他因素影响

除了上述提到的因素外，还有其他几个方面会影响最终的报销金额：

• 药品和服务项目：只有符合医保目录内的药品和服务才能得到报销，不在目录内的项目需患者自行承担。
• 异地就医：若是在非参保地就医且未提前备案，可能会导致报销比例下降。
• 特殊病种：针对特定的重大疾病，政府通常会有额外的支持政策，提高报销比例或增加报销额度。

住院花费5万元通过合作医疗能够报销的具体数额需要结合当地的最新政策、参保人员的身份（如是否为在职员工、退休人员或是农民）、就诊医院的级别以及其他相关因素综合考量。为了获取最准确的信息，建议直接咨询当地的社会保障部门或查阅最新的官方文件 。考虑到政策会随时间而调整，确保信息来源的时效性是非常重要的。