宿迁医改在一定程度上存在争议，部分观点认为其存在一些问题，原因主要有以下几点：
- 过度市场化，忽视公益属性：宿迁医改将公立医院全部私有化，民营资本接手后，逐利成为首要目标。对贫困患者的救助、公共卫生服务的担当等公立医院曾经义不容辞的责任，被弃之如敝履。偏远农村地区的义诊、送医送药活动减少，困难群众面对疾病，就医难度增加。
- 基层医疗体系受损：乡镇卫生院等公立基层医疗机构被变卖后，因资金匮乏、人才流失，难以撑起基层医疗服务。村民日常看病不得不奔赴遥远的县城甚至城市医院，增加了就医成本，也延误病情风险。
- 监管体系不完善：当时的政策法规未能及时跟上民营医院的快速发展。准入门槛模糊，使得一些不具备专业医疗资质的企业或个人进入医疗市场，虚假医疗广告泛滥，医疗质量参差不齐，患者的生命健康得不到有效保障。监管力量不足，让这些乱象在一段时间内肆意生长。
- 医保体系不健全：宿迁医改只完成了医疗行业市场化，而肩负支付老百姓基本医疗费用和监管医疗机构乱收费责任的市场化医疗保险机构未建立。政府在保障老百姓享受基本卫生保健服务方面投入不足，没有将卖医院的资金有效转化为医保体系的启动资金，导致老百姓仍面临 “看病贵” 的问题。
- 医疗资源布局不合理：在医改过程中，可能过于注重城市医院的发展，而忽视了农村和偏远地区的医疗资源配置。导致医疗资源集中在城市，农村和偏远地区医疗设施落后，医疗人才短缺，老百姓看病难的问题依然存在。