农村合作医疗可以跨省报销，但报销比例会因地区、医院级别、是否办理转诊备案等因素而有所不同。以下是具体的跨省报销比例及相关规定：
一、按就医地级别医疗机构划分
乡镇卫生院：跨省在乡镇卫生院就医的起付线和报销比例通常与本地就医相似，报销比例一般在60%-90%之间，具体比例取决于当地政策。
县级定点医院：跨省在县级定点医院就医的起付线一般在500元左右，报销比例在50%-70%之间。
二级医院：跨省在二级医院就医的起付线一般在500元左右，报销比例在40%-55%之间。
三级医院：跨省在三级医院就医的起付线一般在1000元左右，报销比例在30%-45%之间。
二、按是否办理转诊备案划分
办理了转诊备案的人员：跨省异地转诊人员的住院支付比例通常在参保地相同级别医疗机构报销水平基础上降低10个百分点。例如，安徽省芜湖市规定，参保人员到省外定点医院住院治疗，办理了转诊备案的，其住院政策范围内报销比例按照60%核报。
未办理转诊备案的临时外出就医人员：跨省临时外出就医人员的住院支付比例通常在参保地相同级别医疗机构报销水平基础上降低20个百分点。例如，安徽省芜湖市规定，未办理转诊备案的临时外出就医人员，其住院政策范围内报销比例按照50%核报，保底比例为25%。
三、其他特殊情况
异地长期居住人员：跨省异地长期居住人员在备案地就医结算时，基本医疗保险基金的起付标准、支付比例、最高支付限额原则上执行参保地规定的本地就医时的标准。例如，安徽省阜阳市规定，异地长期居住人员在备案地的市属三级医院起付线为700元，医保报销比例75%；省属三级医院起付线为1000元，医保报销比例70%。
异地急诊抢救人员：跨省异地急诊抢救人员的住院支付比例在参保地相同级别医疗机构报销水平基础上降低10个百分点。