农村合作医疗（新农合）是否可以申请特殊病种，需根据当地政策规定办理。以下是综合信息后的说明：

一、政策依据与覆盖范围

1. 政策支持

   根据《中华人民共和国社会保险法》第二十四条，新型农村合作医疗制度包含门诊特殊疾病保障，覆盖范围由国务院规定。

2. 常见覆盖病种

   不同地区对特殊病种定义存在差异，但通常包括慢性肾功能衰竭（如尿毒症）、恶性肿瘤门诊放化疗、器官移植术后抗排异治疗等。

二、申请条件与流程

1. 申请条件

   需符合当地医保部门公布的特殊病种目录，如尿毒症需通过门诊特殊疾病认定流程。

2. 所需材料

   • 基础材料：身份证、合作医疗证、病历、诊断证明、近期一寸免冠照片等。

   • 补充材料：辅助检查报告、费用明细清单、出院小结等（门诊和住院报销需分别提供）。

3. 办理流程

   • 提交材料至户籍所在地社保所或乡镇合医办。

   • 经医保部门审核通过后，领取《新型农村合作医疗特殊病种证》。

   • 持证到指定医疗机构就诊时使用。

三、报销待遇

• 门诊报销 ：在定点医疗机构门诊治疗特殊病种时，可按规定比例报销（如60%）。

• 门诊费用限制 ：部分地区对每次就诊处方药费、临时补液药费设限（如每次10元、50元）。

四、注意事项

1. 地区差异 ：具体病种目录及报销比例因地区而异，建议提前咨询当地医保部门。

2. 动态调整 ：特殊病种目录可能定期更新，需关注最新政策。

农村合作医疗支持申请特殊病种，但需符合条件并完成正规审批流程。建议参保人员咨询当地医保机构，了解具体操作细则。