2025年新疆石河子分娩补贴是合法的，具体原因如下：
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政策依据：石河子市政府发布的《八师石河子市促进人口发展鼓励群众按政策生育暂行办法》中明确规定了生育二孩（不含领养）的家庭，女职工产假在《新疆维吾尔自治区人口与计划生育条例》规定的基础上延长30天，男方护理假在《条例》规定的基础上延长15天。并且生育二孩（不含领养）的家庭，可领取顺产500元/户，剖宫产1000元/户的住院分娩补助。
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法律层级及效力：该办法由石河子市人民政府发布，属于地方政府规章或规范性文件，在其行政区域内具有法律效力，对当地的行政机关、企事业单位和居民等均具有约束力。只要该办法未被上级法律、法规或新的政策文件所废止或修改，就应当继续执行。
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符合上位法原则：虽然具体的分娩补贴规定是由地方政府根据当地实际情况制定的，但并不与国家的法律法规相冲突，而是在国家法律法规的框架内，对生育政策的进一步细化和补充，以更好地适应当地经济社会发展和人口形势的需要。
总的来说，2025年新疆石河子的分娩补贴政策有着明确的政策依据，其法律层级及效力决定了在当地的适用性，同时也符合上位法原则，是在国家法律法规框架内的地方细化补充，旨在适应当地实际发展需求。