对于零申报未按时进行申报的情况，税务机关通常会依据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定来处理。如果纳税人没有在规定的期限内办理纳税申报和报送纳税资料，税务机关可以责令其限期改正，并且根据具体情况处以罚款。

一般来说，如果逾期时间较短且情节轻微，罚款金额较低，多数情况下不超过2000元。但是，如果逾期时间较长或情节严重，罚款金额则可能上升至二千元以上一万元以下。例如，根据《人民税收征收管理法》第六十二条规定，对于未按规定期限办理纳税申报的纳税人，可以处以二千元以下的罚款；情节严重的，可以处以二千元以上一万元以下的罚款。

值得注意的是，即使是在零申报的情况下，即纳税人当期没有应纳税额产生，也需要按照规定的时间进行申报。这是因为零申报也是一种法定的申报义务，任何企业或个人都不得忽视。如果不遵守这一规定，可能会遭受罚款，并且有可能影响到企业的信用记录和声誉。

对于连续多次逾期未申报的企业，税务机关可能会采取更为严厉的措施，如将其列入重点监控对象，加强对其后续纳税行为的监管，甚至可能导致税务登记证被注销等后果。

为了避免不必要的罚款和其他不良后果，纳税人应当确保按时完成所有的税务申报工作，包括零申报。如果确实遇到了无法按时申报的情况，应及时与税务机关沟通，说明原因并争取获得延期申报的机会。同时，也可以考虑利用税务软件或其他工具来帮助提醒即将到来的申报截止日期，从而避免因疏忽而导致的逾期申报。理解相关规定并严格遵守是每个纳税人的责任，这有助于维护良好的纳税信用记录，并确保企业的正常运作。

请注意，具体的罚款金额和处理方式可能会因地区政策、企业的具体情况以及税务机关的裁量权而有所不同，因此建议直接咨询当地的税务机关获取最准确的信息。