残疾人个税系统申报主要有以下两种方式：

一、自然人电子税务局扣缴端申报

1. 人员信息采集：登录自然人电子税务局扣缴端，选择“人员信息采集”。输入残疾人员的个人基本信息，如姓名、身份证号等，勾选残疾选项，并输入残疾证号，然后点击保存。

2. 信息报送：勾选上述保存的残疾人员信息记录，点击“报送”。当报送状态显示为“报送成功”，即表示该残疾人员在个税系统中的信息维护成功。

3. 填写减免事项附表：在进行个税申报时，系统会提示填写减免事项附表。打开其中的减免税额表，系统将自动根据残疾人的相关信息计算其个税优惠金额。

4. 提交申报：确认减免税额等信息无误后，点击“保存”并提交申报即可。

二、个人所得税APP申报

1. 注册登录：确保已完成个人所得税APP的注册，并保证账号信息的真实性和准确性。若未注册，需先进行注册再登录。

2. 进入申报页面：打开个人所得税APP后，进入“申报纳税”页面，选择“申报个人所得税项目”。

3. 选择申报表：在申报表选择页面，选择适用于残疾人的所得税优惠申报表。

4. 填写申报信息：按照要求填写申报信息，包括纳税人信息、残疾人信息、所得信息等。务必确保所填信息的准确性和完整性，如个人收入情况、扣除项目等。

5. 核对与提交：仔细核对已填写的申报信息，确认无误后提交申报材料。可在“申报结果查询”页面查看申报结果，如有误，可及时修改并重新提交申报材料。

通过以上方式，残疾人可以顺利完成个税系统的申报流程，享受国家提供的税收优惠政策，减轻经济负担。同时，也请确保所提供的信息真实有效，以避免不必要的法律风险。