根据搜索材料，以下是2025年云南文山治疗肩膀疼痛伴头痛的医院推荐：

1. 1.文山州中医医院：文山州中医医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等综合服务能力为一体的三级甲等中医医院。该医院设有多个临床业务科室和医技医辅业务管理科室，能够提供全面的医疗服务。文山州中医医院骨伤一科是一个集中医、西医特长，医疗、教学、科研于一体的省级中医重点专科，擅长治疗各种类型的骨折、关节脱位、扭伤、软组织挫伤等。因此，该科室可以有效治疗肩膀疼痛伴头痛的问题。
2. 2.云南省文山壮族苗族自治州人民医院：该医院是文山州唯一一所集医疗、教学、科研、预防、急救、康复于一体的公立三级甲等综合医院医院在神经内科方面有较强的实力，擅长诊治头痛、头晕、脑梗等疾病
3. 3.其他推荐：虽然搜索材料中没有直接提到其他具体的医院，但根据文山州中医医院和文山壮族苗族自治州人民医院的情况，可以推测文山州的其他三级医院也可能提供类似的服务。患者可以根据自身情况选择就近的医院进行就诊。

文山州中医医院和文山壮族苗族自治州人民医院是治疗肩膀疼痛伴头痛的较好选择。患者可以根据自身情况选择合适的医院和科室进行就诊。