新疆生产建设兵团第二师焉耆医院并不是三甲医院，而是一家二级甲等综合医院。根据相关资料，该医院在1994年被评选为地州级二级甲等综合医院、爱婴医院，这标志着医院进入了规范化、科学化、现代化的发展阶段。

三甲医院是指在中国按照《医院分级管理标准》分类的最高级别医院，具有较高的医疗技术水平和服务能力，并且能够向全国范围提供高水平医疗卫生服务。要达到三甲医院的标准，医疗机构需要满足一系列严格的条件和要求，包括但不限于床位数量、科室设置、人员配置、医疗设备和技术水平等方面的要求。

从目前的信息来看，新疆生产建设兵团第二师焉耆医院虽然拥有较为先进的医疗设备和技术力量，并且在多个专业领域有着较强的服务能力，但是其官方介绍中并未提及三甲资质，而是明确指出它是一个二级甲等医院。医院也正在进行一些改进和发展工作，例如进行精神科的改扩建项目，以进一步提升其服务能力。

因此，如果焉耆县农二师医院想要成为三甲医院，还需要继续努力提升自身的综合实力，包括增加床位数、完善科室设置、提高医护人员的专业水平以及加强科研教学等方面的工作，同时还需要通过国家卫生健康委员会的相关评审程序来获得正式认定。

请注意，以上信息基于截至2025年3月的知识库内容，若需了解最新的情况，请直接联系医院或查阅最新的官方公告。如果您还有其他问题或者需要更详细的信息，请随时告诉我。