医保报销主要由各地的医疗保障局及其下属的医保经办机构负责。其主要职责包括拟订医保相关政策、组织制定医保基金监督管理办法、负责医保经办管理等工作。在一些地方,可能会委托商业保险公司办理部分医保业务,如庆阳市就将基本医疗保险意外伤害经办服务委托给中国平安财产保险股份有限公司庆阳中心支公司。
参保人员在就医时,若符合医保报销条件,在定点医疗机构可直接进行联网结算,费用由医保经办机构与医疗机构按规定结算。若是需要手工报销,如异地就医、急诊等情况,参保人员需持相关材料到参保地的医保经办机构或其指定地点进行报销,如北京市昌平区参保人员可将材料报送至本人(在京)居住地街道(乡镇)社会保障事务所,由社保所汇总后向区医保经办机构申报。