医疗保险企业缴纳的部分主要去向包括：

1. 进入医保统筹基金

企业缴纳的医保费用，在扣除一定比例后（部分地区可能会将部分单位缴费划入个人账户，但大部分仍计入统筹基金），剩余部分会全部纳入医保统筹基金3。

统筹基金的作用：

• 住院医疗费用：用于支付参保职工的住院医疗费用3。
• 门诊特殊疾病医疗费用：用于支付参保职工的门诊特殊疾病医疗费用3。
• 部分门诊医疗费用：用于支付参保职工的部分门诊医疗费用3。

例如，参保人员因患重大疾病需要住院治疗，其符合医保报销范围的住院费用，很大一部分就是由医保统筹基金来支付的3。

2. 部分划入个人账户（部分地区）

在一些地区，单位缴纳的医保费用会有一定比例划入个人账户3。这部分资金归个人所有，可以用于支付门诊费用、药店购药等5。

3. 地方补充医保基金

在一些地区，企业缴纳的医保费用还会进入地方补充医保基金，用于支付地方补充医保目录内的医疗费用，以及超过基本医保统筹基金封顶线的部分费用9。

4. 补充医疗保险

企业还可以为员工购买补充医疗保险，这部分费用在不超过职工工资总额一定比例（如5%）的标准内，可以在计算应纳税所得额时准予扣除10。

总结

企业缴纳的医疗保险费用主要进入社会医疗保险基金，用于支付参保人员的医疗费用，确保医疗保障制度的正常运行6。这些资金通过统筹基金、个人账户、地方补充医保基金等形式，为参保人员提供全面的医疗保障。