南京医保卡在南通使用需要办理异地就医备案并申领江苏省社会保障卡，具体流程如下：
一、办理异地就医备案
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异地长驻人员备案
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凭身份证向南京市社保经办机构提出申请，提交《异地就医登记备案表》；
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完成备案后，需到南京市社保卡服务网点办理江苏省社会保障卡。
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异地转诊人员备案
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在南京三级医院医保办公室或社保经办机构领取《基本医疗保险转外就医备案表》；
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由主任医师签署转诊意见并确认转诊医院后，持备案表至南京市社保经办机构办理异地转诊手续。
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二、申领江苏省社会保障卡
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线上办理
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通过“我的南京”第三方平台进入“智慧人社”模块，选择“异地就医备案”办理；
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按提示提交身份证、备案表等材料，审核通过后自动生成江苏省社会保障卡。
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线下办理
- 携带身份证、备案表至南京市社保卡服务网点办理。
三、使用范围与限制
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省内使用
- 完成备案并申领江苏省社会保障卡后，可在江苏省内其他市使用医保卡刷卡结算。
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跨省使用
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需在就医地办理异地就医备案并申领江苏省社会保障卡；
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目前仅支持全国范围内的医保业务办理，但门诊、购药等仍需在异地定点医疗机构刷卡结算。
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四、注意事项
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南京市民卡本身无法直接在南通使用医保功能，必须通过上述流程办理；
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异地就医备案需在就医前完成，转诊人员需通过指定医院办理转诊手续；
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具体办理材料可能因政策调整，建议提前咨询南京市社保经办机构。
（综合来源：南京市社保局官方指南及各地医保政策）