南京医保异地就医备案流程主要包括以下几个方面：
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窗口办理：参保人员需携带身份证或社会保障卡，并按人员类别分别提供以下材料原件和复印件：异地安置退休和异地居住人员需提供异地户口本、房产证或其他有效异地居住材料；异地长期学习和常驻异地工作人员需提供用人单位或学校、培训机构盖章的异地证明材料。参保人员确认长期驻外所在地区。经办人员即时录入系统，生成《南京市基本医疗保险异地就医备案表》。备案表一式两份，一份由参保人员签字后交经办机构留存，另一份交与参保人员。
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网上办理：单位经办人员登录南京市医疗保障局官方网站，登录后进入网上办事通道，自主为单位退休职工或在职职工办理备案。单位经办人需核实基本信息，备案后即时生效（单位需对备案材料建档备查）。
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掌上办理：参保人员登录我的南京APP，点击：健康—医保服务—异地就医备案。阅读须知并按提示完成申请。医保经办机构后台审核并反馈办理结果。或者进入国家医保服务平台手机APP/微信小程序，并完成实名认证。进入异地就医模块进行备案。阅读须知，录入信息，上传资料图片，提交确认，等待审核，查询备案结果。
以上就是南京医保异地就医备案的主要流程，希望对你有所帮助。