农村合作医疗卡门诊报销流程如下：

1. 直接刷卡报销 ：

• 参保患者凭有效证件（身份证、医疗卡）在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销。

• 在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结账时也可直接刷卡报销。

2. 窗口报销 ：

• 对于在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿及经办人身份证，到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。

3. 特殊病种门诊报销 ：

• 参保患者若需特殊病种门诊报销，可持二级及以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请。经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。

4. 普通门诊费用报销 ：

• 参加新农合的农民持合作医疗证和卡在乡、村两级定点医疗机构就诊时，由定点医疗机构直接减免门诊补偿费用，门诊医疗总费用减去门诊补偿费用剩余部分由参保农民现金结算。

5. 省、市、区定点医疗机构门诊就诊 ：

• 参保农民因患慢性病和重大疾病在省、市、区定点医疗机构门诊就诊时，所产生的医疗费用由参保农民的现金结算，经各乡镇合管办初审后上报至区合管办审核，审核后由户籍所在乡镇卫生院录入新农村合作医疗机构垫付资金，之后经区合管办审批后直接划拨到定点医疗机构新农合资金专户。

6. 意外伤害住院报销 ：

• 因意外伤害住院的，出院后需要提交意外伤害引发的原因证明和医院的病案记录，对于一些无法提供有效证明和记录的，不予进行受理。参保患者将资料提交之后，新农合窗口受理后的30个工作日内完成，不过，需要经过新农合业管中心稽查人员的调查和审核，情况属实之后才能予以报销。

建议：

• 参保患者应妥善保管好所有相关医疗费用发票、清单、病历等证明材料，以便在需要时能够及时提交。

• 对于特殊病种门诊报销，患者需提前了解并准备好所有必要的申请材料和证明文件。

• 在市外定点医疗机构就诊时，患者需及时办理转诊备案手续，以确保报销流程的顺利进行。