东莞医保卡不能在药店使用可能有以下几种原因，您可以对照以下情况排查问题：
1. 药店是否为定点零售药店
医保卡只能在定点零售药店使用。如果药店没有医保定点资格，那么医保卡将无法在该药店使用。您可以查看药店是否张贴有“医保定点药店”标识，或者咨询药店工作人员确认。
2. 药品是否在医保目录内
医保卡仅适用于购买医保目录内的药品。如果药品未列入医保目录，医保卡无法支付。您可以通过药店工作人员或医保部门查询药品是否在目录范围内。
3. 个人账户余额是否充足
医保卡使用需确保个人账户余额充足。如果余额不足，可能无法支付药品费用。您可以登录医保服务平台或使用医保电子凭证查询余额。
4. 是否需要电子处方
根据东莞市最新政策，医保电子处方已上线，门特参保人在定点药店购药需通过电子处方进行结算。如果药店未开通电子处方功能，也可能导致无法使用医保卡。
5. 其他可能原因
- 药店系统故障：有时药店系统可能因技术问题无法识别医保卡。
- 医保政策调整：政策可能有新的限制或要求，建议咨询当地医保局了解最新规定。
建议解决方案
- 确认药店资质：选择有“医保定点药店”标识的药店。
- 核对药品目录：确保药品在医保目录内。
- 查询余额：通过医保服务平台或电子凭证查看账户余额。
- 咨询医保部门：如有疑问，可拨打东莞市医保局咨询电话（如12333）进行咨询。
- 尝试其他药店：若当前药店无法使用，可更换定点药店尝试。
希望以上信息对您有所帮助！如需进一步了解，请参考。