农村合作医疗的报销流程如下：

1. 门诊医疗费用报销 ：

• 参保人在定点的乡镇卫生院、村卫生室、社区卫生服务中心等基层医疗机构就诊时，可以使用农村合作医疗报销部分门诊费用。

• 在定点医疗机构，可直接凭借医保卡或身份证进行挂号和结算，系统会自动计算报销金额，参保人只需支付个人自付部分。

• 许多地区实行门诊统筹制度，设定一定的报销比例和年度报销限额。

2. 住院医疗费用报销 ：

• 参保人因病需要住院治疗时，在定点医院的住院收费处出示医保卡或身份证、农村合作医疗证等相关证件，办理住院登记手续。

• 根据医院的要求，参保人通常需要缴纳一定数额的住院押金。住院押金在出院结算时会根据实际医疗费用和报销情况多退少补。

• 在住院治疗过程中，医院会按照医保规定的诊疗项目和药品目录为参保人提供医疗服务。使用医保目录内的药品、诊疗项目和医疗服务设施，可享受医保报销。

• 出院时，参保人到医院的出院结算窗口办理结算手续。医院会出具住院费用清单和结算单，系统会自动计算农村合作医疗可报销的金额。报销比例根据医院的等级和费用分段有所不同。

3. 特殊病种门诊报销 ：

• 参保患者若需特殊病种门诊报销，可持二级及以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请。经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。

4. 意外伤害住院报销 ：

• 因意外伤害的住院患者，出院后需提交由户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明及医院的病案记录。若无法提供有效证明及记录，则不予受理。经新农合调查、审核后，若属实则予以报销。

5. 市外报销 ：

• 在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿及经办人身份证，到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。

6. 报销所需材料 ：

• 身份证或户口簿原件及复印件。

• 新农合医保卡。

• 门诊病历、出院小结原件及复印件。

• 医疗费用原始收据。

• 费用明细清单。

• 若委托他人办理报销的，需提供受托人的身份证及复印件。

7. 费用核算与兑付 ：

• 县级定点医疗机构由合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，具体核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署核算意见。

• 乡镇定点医疗机构由乡镇卫生院合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，具体核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署初审核算意见后，由复核人员或者乡镇专职审核员对初审项目和补偿金额进行审核，签署审核意见。

• 费用兑付由县级以下定点医疗机构合作医疗窗口兑付人员根据审核意见，向申请人支付应当报销的医药费用，并由申请人或者其代理人在《新型农村合作医疗住院补偿表》上签字。

建议：

• 参保人应妥善保管好所有就医相关的发票、单据和证明材料，以便在报销时能够顺利提供。

• 对于特殊病种和意外伤害等情况，应及时了解并按照规定程序提交相关证明材料，以确保报销顺利进行。

• 在市外就医时，务必按照规定时间提交报销材料，以免影响报销进度。