社保和合作医疗（新农合）存在以下主要差异：
- 参保对象 ：
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合作医疗 ：主要针对农民群体，只有农村户口才能参加，且必须以家庭为单位整户参加。
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社保 ：主要针对有正式工作的职工，由职工和公司共同缴纳，是强制性的。
- 缴费方式 ：
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合作医疗 ：农民自愿参加，一年一交费，交一年保费享受一年待遇。
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社保 ：用人单位和职工共同缴纳，是强制性的，企业必须为在职职工购买。
- 待遇不同 ：
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合作医疗 ：主要报销农村居民看病就医产生的费用，包括门诊报销、住院补偿以及大病保险，但保障力度较低，报销比例较少。
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社保 ：包含医疗保险、养老保险、工伤保险、失业保险和生育保险等多个方面，为职工提供更为全面的保障。
- 基金筹集与管理 ：
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合作医疗 ：采取个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资方式，基金筹措有限。
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社保 ：由用人单位和职工共同缴纳，基金来源较为稳定且多样。
- 保障期限 ：
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合作医疗 ：交一年保一年，不累计缴费年限。
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社保 ：医疗保险参保人员完成缴费年限后可以终身享受。
- 法律依据 ：
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社保 ：依据《中华人民共和国社会保险法》，职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
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合作医疗 ：现已和城镇居民医疗保险合并，统称城乡居民医疗保险。
综上所述，社保和合作医疗在参保对象、缴费方式、待遇、基金筹集与管理、保障期限以及法律依据等方面存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的保险进行参保，以获得更为全面和稳定的保障。