农村合作医疗和社保存在一定的冲突，主要体现在以下几个方面：
政策规定方面
根据国家相关政策，农村合作医疗与社保中的医疗保险均属于基本医疗保险范畴，二者不能重复参保。如果同时缴纳两者的费用，是无法同时享受两项保险待遇的。
报销使用方面
报销冲突：当参保人同时拥有农村合作医疗和社保时，在就医报销时只能选择其中一种进行报销，不能同时使用两种保险进行报销。这意味着即使同时缴纳了两者的费用，在实际使用时也只能享受一种保险的报销待遇。
报销比例差异：社保中的医疗保险报销比例通常较高，一般为70%-80%，而农村合作医疗的报销比例相对较低，一般为50%-70%，异地报销时可能更低。在报销使用方面，社保的保障力度相对更大。
参保费用方面
缴费标准不同：农村合作医疗的缴费标准相对较低，一般按年缴纳，费用在200元左右；而社保的缴费标准较高，通常按月缴纳，费用根据个人工资基数和当地政策确定。如果同时缴纳两者的费用，会增加个人的经济负担。
待遇享受方面
养老待遇冲突：如果同时参加农村合作医疗和社保中的养老保险，在达到退休年龄后，也只能领取一份养老金。这意味着即使同时缴纳了两者的养老保险费用，也无法同时享受两种养老金待遇。
建议
选择适合自己的保险：根据个人实际情况选择适合自己的保险。如果已经在城镇有稳定工作并缴纳社保，建议停掉农村合作医疗；如果没有稳定工作，且主要生活在农村，农村合作医疗可能更适合。
避免重复参保：由于两者存在冲突且不能同时报销，同时缴纳两者的费用会造成不必要的浪费。应避免重复参保，选择一种适合自己的保险即可。