农村合作医疗重大疾病报销流程通常如下：
报销条件
参保缴费：按时缴纳农村合作医疗费用，确保在参保状态内。
定点就医：在统筹区内的定点医疗机构就医。
疾病范围：所患疾病需在农村合作医疗重大疾病保障范围内，如儿童先天性心脏病、儿童白血病、肺癌、食道癌等。
费用达标：在同一医疗保险年度内，个人自付医疗费用超过大病保险起付标准。
报销流程
就医：在定点医疗机构就医，确保医疗费用符合报销范围。
申请：出院后，携带本人身份证、新农合医疗卡、住院费用票据等材料到当地新农合经办机构申请报销。
审核：经办机构对报销材料进行审核，确定符合报销条件后进行结算。
领取报销款：报销款通过银行卡或现金形式发放给患者。
报销比例
住院报销：
一级医疗机构：政策范围内报销比例可达90%。
二级医疗机构：政策范围内报销比例可达80%。
三级医疗机构：政策范围内报销比例可达60%。
大病保险报销：起付线以上的费用按60%支付，最高限额可达25万元。
注意事项
异地就医：需提前办理异地就医备案手续，否则可能影响报销比例或无法报销。
材料准备：确保报销材料齐全且真实有效，以免影响报销进度。
政策变化：各地农村合作医疗政策可能会有所调整，建议及时关注当地医保部门发布的最新政策信息。
如果您需要更详细的信息或有特殊情况，建议咨询当地的医保部门或新农合经办机构。