迷走神经手术的风险相对是很小的。迷走神经刺激器植入，也就是VNS，属于一种微创的神经调控类的手术。将特制的线圈缠绕在患者的迷走神经上，通过给予电刺激，控制癫痫的发作。术后相关的常见并发症大多数与手术中的对神经血管的牵拉以及术后的电刺激有关，包括声音嘶哑、吞咽困难、饮水呛咳等等，通常患者都是可以耐受的，并且随着时间的推移而逐渐得到改善。较为罕见的并发症包括心律不齐，消化道症状以及睡眠呼吸紊乱。
另外，VNS虽然是微创手术，但是术后还是存在其他的操作相关的并发症，包括感染、电极移位、以及硬件故障。比如说导线断裂，电池电量耗竭等各种问题的。在手术多年之后，如果电池电量进行耗竭的话，电池是需要更换的，但是这个并不属于VNS的手术并发症。
