医院设有乳腺病科、普通外科（含胸）、内科、眼科、神经外科、内分泌科、康复医学科、皮肤科、血液内科、超声影像科、医学影像科、心血管内科、麻醉科、妇科、儿科、老年病科、推拿科、急诊医学科、肛肠科、泌尿外科、耳鼻咽喉科、口腔科、肿瘤科、肾病内科、风湿科、针灸科、骨伤科、神经内科、消化内科、呼吸内科、肝科、手术室护理组、营养科、药剂科、中心实验室、检验科、放射介入科、脊柱病科、胸外科、病理科、中医内科等39个临床和医技科室。
上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院主院区位于上海市虹口区甘河路110号，创建于1976年，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级中西医结合综合性医院。