在内蒙古通辽，当社保基数设定为25000元时，根据最新的规定，住房公积金的缴纳比例通常为企业和职工各承担一定比例，上限为月缴存额5978元（单位和个人合计）。这意味着，在最高限额内，以25000元作为基数计算，个人和单位每月合计最高可缴存约5978元的住房公积金。
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社保与公积金基数的关系：社保基数与公积金基数相互独立，但都是基于职工的工资水平确定。社保基数影响的是养老、医疗等保险费用的计算，而公积金基数则直接影响到住房公积金的缴存金额。
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住房公积金缴存比例：对于通辽市而言，单位和职工住房公积金的缴存比例均不得高于12%，具体比例由各单位自行决定。假设某单位选择的缴存比例为最高12%，那么以25000元为基数，个人和单位各自需缴存3000元（25000元*12%），总计6000元。但由于存在月缴存额上限，实际操作中不会超过5978元。
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灵活就业人员的差异：不同于在职职工，灵活就业人员只能自行全额承担养老保险和医疗保险费用，并且其住房公积金的缴纳不是强制性的。如果灵活就业者想要缴纳住房公积金，则需要按照当地政策自行设立账户并按规定的基数和比例进行缴存。
虽然社保基数为25000元，但直接决定了住房公积金缴存额的因素是公积金基数及对应的缴存比例。考虑到通辽市对住房公积金有明确的缴存上限，即便以较高的基数计算，个人与单位合计的实际缴存额也不会超过规定的上限值5978元。如果您希望了解更精确的信息，建议咨询当地的社保或公积金管理部门获取最新指导。