西藏昌都社保基数12600元和5000元的区别主要体现在适用的工资范围不同，以及因此产生的社保缴费金额差异。以下是详细说明：

社保基数适用的工资范围

• 12600元基数：西藏昌都市社保缴费基数的上限为32376元/月。如果职工的月工资为12600元，这意味着该职工的月工资高于2023年西藏全区职工月平均工资的300%（即10791元的300%），因此应按照上限32376元作为缴费基数。
• 5000元基数：对于工资低于上限但高于下限的职工，如月工资为5000元的情况，则应按照实际工资申报，但不得低于下限6475元。这意味着5000元的工资水平可能处于下限和上限之间，具体缴费基数需根据实际工资与下限的对比确定。

社保缴费金额差异

• 12600元基数缴费金额：以企业职工为例，如果按照基数上限32376元计算，养老保险单位缴费比例为16%，个人缴费比例为8%；医疗保险单位缴费比例为8%，个人缴费比例为2%。按此基数计算，每月单位缴费约为1036元，个人缴费约为518元，年缴费总额约为19785.72元。
• 5000元基数缴费金额：如果按照5000元作为缴费基数（假设低于实际工资），则具体缴费金额会根据上述比例有所减少。例如，养老保险个人缴费部分约为5000元×8%=400元，医疗保险约为5000元×2%=100元。具体年缴费金额需根据实际选择的缴费基数档次计算。

西藏昌都社保基数12600元和5000元的选择会影响到每月及每年的社保缴费金额，进而影响到个人的社保权益。