在云南昆明，社保缴费基数是根据职工个人的实际工资收入来确定的，并且会设定一个上下限。2025年昆明市社保缴费基数上下限已明确，缴费基数上限通常为当地上年度在岗职工平均工资的3倍左右，而缴费基数下限通常为当地上年度在岗职工平均工资的60%左右。

如果职工的月工资为16400元，那么这个数值很可能超过了缴费基数的上限，因此会按照缴费基数的上限进行缴纳。而如果职工的月工资为5000元，这个数值可能位于缴费基数的下限和上限之间，因此会按照实际的工资数额进行缴纳。

以下是云南昆明社保缴费基数16400元和5000元的区别：

养老保险

• 缴费基数：16400元（超过上限，按上限缴纳）
• 单位缴费：16400元 × 16% = 2624元
• 个人缴费：16400元 × 8% = 1312元
• 医疗保险：
• 缴费基数：16400元（超过上限，按上限缴纳）
• 单位缴费：16400元 × 6.5% = 1066元
• 个人缴费：16400元 × 2% = 328元
• 失业保险：
• 缴费基数：16400元（超过上限，按上限缴纳）
• 单位缴费：16400元 × 0.5% = 82元
• 个人缴费：16400元 × 0.5% = 82元
• 工伤保险：根据单位所属行业和风险等级确定缴费金额（由公司全额承担）。

养老保险

• 缴费基数：5000元（位于下限和上限之间，按实际工资缴纳）
• 单位缴费：5000元 × 16% = 800元
• 个人缴费：5000元 × 8% = 400元
• 医疗保险：
• 缴费基数：5000元（位于下限和上限之间，按实际工资缴纳）
• 单位缴费：5000元 × 6.5% = 325元
• 个人缴费：5000元 × 2% = 100元
• 失业保险：
• 缴费基数：5000元（位于下限和上限之间，按实际工资缴纳）
• 单位缴费：5000元 × 0.5% = 25元
• 个人缴费：5000元 × 0.5% = 25元
• 工伤保险：根据单位所属行业和风险等级确定缴费金额（由公司全额承担）。

总的来说，社保缴费基数对于社保待遇有着直接的影响，因此建议职工和单位在申报社保缴费基数时，要严格按照法律法规和政策规定进行操作，确保社保待遇的合法权益得到保障。