根据2025年新农合政策，住院花费5000元时的报销金额需根据医疗机构等级和报销规则计算，具体如下：

一、报销比例标准

1. 乡镇卫生院

   • 起付线200元，超过部分报销85%

   • 例如：5000元总费用，可报销 $（5000-200） \times 85% = 3500$ 元

2. 县级定点医院

   • 起付线500元，超过部分报销70%

   • 例如：5000元总费用，可报销 $（5000-500） \times 70% = 3150$ 元

3. 二级医院

   • 起付线500元，500-10000元部分报销55%，10000元以上40%

   • 例如：5000元总费用，可报销 $（5000-500） \times 55% = 2475$ 元

4. 三级医院

   • 起付线1000元，1000-10000元部分报销45%，10000元以上40%

   • 例如：5000元总费用，可报销 $（5000-1000） \times 45% = 1800$ 元

二、其他注意事项

• 最高支付限额 ：新农合年累计最高支付限额为6万元，超过部分需自费

• 特殊群体 ：60岁以上老人、儿童/学生等可享额外补贴（如每天10元护理费、手术费1000元封顶等）

• 门诊报销 ：村卫生室/乡镇卫生院药费超10元按60%报销，县级医院50元起30%报销

三、示例总结

以上计算基于2025年最新政策，具体比例可能因地区政策调整略有差异，建议参保人员咨询当地医保部门确认。