根据2025年新农合政策，住院5000元能报销的金额需根据就诊医疗机构等级和费用分段计算，具体如下：
一、报销比例标准
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乡（镇）卫生院
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起付线200元内不报销，200-5000元部分报销70%，超过5000元部分按65%报销。
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例如：在镇卫生院住院5000元，报销金额为： $$5000 \times 65% = 3250 \text{元}$$
个人自付500元。
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县级定点医院
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起付线500元内不报销，500-10000元部分报销65%，超过10000元部分按50%报销。
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例如：在县级医院住院5000元，报销金额为： $$5000 \times 65% = 3250 \text{元}$$
个人自付1750元。
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二级医院
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起付线500元内不报销，500-10000元部分报销55%，超过10000元部分按60%报销。
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例如：在二级医院住院5000元，报销金额为： $$5000 \times 55% = 2750 \text{元}$$
个人自付2250元。
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三级医院
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起付线1000元内不报销，5000-10000元部分报销45%，超过10000元部分按40%报销。
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例如：在三级医院住院5000元，报销金额为： $$5000 \times 45% = 2250 \text{元}$$
个人自付2750元。
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二、其他注意事项
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最高报销限额 ：2025年新农合住院最高报销限额为每人每年6万元，超过部分需自费。
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特殊疾病 ：尿毒症、肿瘤等20种重大疾病，年累计自费超过5000元可额外获得65%-70%的补偿。
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二次报销 ：自付费用在1.5-6万元区间的可报销55%-60%，需在术后6个月内申请。
建议患者根据实际就诊医院等级和费用，结合当地政策计算具体报销金额。