食品流通许可证过期三个月确实会面临罚款的风险。根据《中华人民共和国食品安全法》第一百二十二条的规定，未取得食品生产经营许可从事食品生产经营活动，或者未取得食品添加剂生产许可从事食品添加剂生产活动的，将被视为无照经营行为，并受到相应的处罚 。

如果食品流通许可证过期后继续经营，县级以上人民政府食品药品监督管理部门有权没收违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂以及用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品。对于货值金额不足一万元的情况，将会处以五万元以上十万元以下的罚款；而货值金额超过一万元的，则会被处以货值金额十倍以上二十倍以下的罚款 。

值得注意的是，一旦发现食品流通许可证过期，经营者应立即停止经营活动，并尽快准备相关材料向原发证机关申请补办或重新申请食品经营许可证。在某些情况下，如果过期时间不长且没有发生严重的违法行为，可能会有机会通过补办手续来恢复正常经营状态 。

为了避免不必要的法律风险，经营者应当确保在许可证有效期届满前及时办理延期手续。如果许可证已经过期，应该立即采取行动进行纠正，包括但不限于停止销售、清理库存、更新许可证等步骤 。

食品流通许可证过期不仅会导致罚款，还可能引发一系列更为严重的后果，如营业执照被吊销、企业信誉受损等。因此，保持许可证的有效性对于食品经营者而言至关重要。同时，建议定期检查所有必要的经营许可证的有效期，并设置提醒以确保及时更新，以免因疏忽而导致违规经营 。

请注意，具体的罚款数额和其他行政处罚措施可能会依据当地法规及具体情况有所不同，因此在遇到此类问题时，最好咨询当地的食品药品监督管理部门或寻求专业法律顾问的帮助。