上海仁济医院作为一所综合性三级甲等医院，拥有多个知名科室，其中最出名的科室包括：

1. 消化内科：

   • 国家临床重点专科和上海市消化内科临床医学中心4。
   • 精于消化道肿瘤和癌前疾病、幽门螺杆菌及其相关疾病、慢性肝病（肝纤维化和非病毒性肝病）的诊断和防治研究4。
   • 年门急诊量居国内第一，总体处于国内领跑地位，某些领域达国际先进水平4。

2. 风湿免疫科：

   • 国内比较早研究风湿病专业的单位之一，目前为上海市风湿病学临床医学中心4。
   • 在国内率先建立多种早期诊断红斑狼疮等风湿病的抗体谱，建有风湿病红斑狼疮病例的国际标准大型数据库4。
   • 能够开展风湿病前沿诊疗技术4。

3. 妇科肿瘤科：

   • 收治各类妇科良恶性肿瘤患者4。
   • 针对良性肿瘤如卵巢/输卵管良性囊肿、子宫内膜异位症、子宫肌瘤、子宫肌腺症等，腹腔镜手术率达98%以上4。
   • 针对恶性肿瘤，能够开展风险较大难度较高的手术4。

4. 头颈外科：

   • 整合原耳鼻咽喉头颈外科、普外科优势医疗资源，专门治疗头颈部各类良恶性疾病4。
   • 在头颈边缘肿瘤的外科治疗、甲状腺微创手术上有所突破4。

5. 麻醉科：

   • 历史悠久，是新中国最早建立的麻醉科室之一5。
   • 有三大医疗特色：小儿肝移植麻醉、日间手术麻醉和危重产科麻醉5。
   • 每年麻醉手术量超过11万例，外科重症监护患者3000余例5。

6. 泌尿外科：

   • 国家卫计委临床重点建设专科、教育部211工程重点建设学科等6。
   • 以疾病为中心，以亚专业为单位，以术业专精的优秀青年医师为人才优势11。

这些科室不仅在医疗技术上处于领先地位，而且在科研和教学方面也取得了显著成就，为患者提供了高质量的医疗服务。