根管治疗两年后牙齿咬合疼痛可以通过根尖手术、拔牙、再次做根管治疗、保持口腔卫生、调整咬合点、局部冰敷、口服止痛药、口服消炎药这几种方法进行处理。
根尖手术
若患者刚做完根管治疗，牙又疼，或手术后牙齿疼痛没有缓解，一般为难治性根尖周炎，可能有遗漏的根管未找到，或有特殊的细菌感染，可能要经过反复多次的治疗，甚至要对根管的细菌进行培养，还需要配合显微镜和根尖手术，才能够解决疼痛的问题。
拔牙
部分特殊情况下，治疗不可解决疼痛，可能需要拔牙。
再次做根管治疗
若患者的牙齿在几年前做过根管治疗，突然牙龈又长包、又开始疼，根尖拍片显示有阴影，可能要再次做根管治疗。若患者做过烤瓷牙，要先将烤瓷牙拆掉，再做根管治疗。若患者之前为传统根管治疗充填，牙胶尖取出后，再次治疗成功的可能性较大。若患者原来的根管治疗为塑化技术，牙根根管不通，用原来常用的技术去通，比较困难，即使现在有显微镜、有根尖手术，也不一定能通，可能需要拔牙。如果能够疏通根管，可以再次根管治疗，将牙补上，或做牙套保护。
保持口腔卫生
如果在做完治疗后，牙齿还会疼痛，可能与别的牙齿龋坏有关，建议由口腔医生检查。
调整咬合点
如果在做完治疗后，专业的补牙材料过高，使上下牙对合出现异常，在咬东西时出现疼痛，可以由医生进行调整，直到咬合正常。
局部冰敷
可能在治疗后，根管内的药物还未完全发挥，炎症还没有完全消灭，如果疼痛比较轻，可以用冰块局部冷敷，有利于收缩血管，减轻疼痛的症状。
口服止痛药
如果疼痛症状比较重，可以在医生的指导下服用布洛芬片、对乙酰氨基酚片、塞来昔布胶囊等药物治疗。
口服消炎药
还可以在医生的指导下服用盐酸左氧氟沙星胶囊、阿莫西林胶囊、甲硝唑片等药物改善，可以起到消炎的作用。如果经过上述治疗症状没有缓解，建议及时就医诊断治疗。
以上方法均应在专业医生的指导下进行。如果您的情况较为复杂或上述方法无效，请及时就医寻求帮助。