根据相关法律法规和搜索结果，生育保险备案超过三个月的处理方式如下：

一、备案时间限制

生育保险备案需在怀孕3个月内完成，超过3个月将不再受理。未提前备案将无法享受生育保险待遇。

二、逾期备案的后果

1. 无法申领生育保险待遇

   生育保险待遇需在职工产后或手术后18个月内申请，逾期将无法提交完整材料，导致无法申领医疗费用报销、生育津贴等权益。

2. 影响其他权益

   若因未备案导致产假工资无法正常申领，可能影响职工的生育津贴计算和后续生育相关福利。

三、特殊处理建议

1. 咨询当地社保部门

   不同地区对生育保险政策存在差异，建议通过当地社保局官网或线下窗口核实最新规定，确认是否可补缴或特殊处理。

2. 准备完整材料补办

   若符合参保条件且材料齐全，可向社保部门提交《职工生育待遇申领表》及相关证明（如生育证明、医疗费用明细等），申请补办生育保险登记。

3. 关注政策时效性

   生育保险待遇申领通常有明确时效（如产后18个月内），需在此期限内完成申请，避免因政策调整影响申领。

四、注意事项

• 生育证明的重要性 ：需提供计划生育行政部门核发的生育证明，且需与结婚证、身份证等材料一并提交。

• 医疗费用报销范围 ：生育保险仅报销住院期间合规费用，门诊、产前检查等通常不在报销范围内。

建议尽快联系当地社保部门，了解具体补办流程及所需材料，避免因逾期影响生育相关权益。