村医在卫生院上班是否合法取决于几个因素：
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资质要求：根据相关法律法规，只有取得执业医师资格或者执业助理医师资格，并经注册后，才可以在医疗、预防、保健机构中按照注册的执业地点、执业类别、执业范围执业。因此，如果村医具备相应的执业资格证书，并且这些证书是通过正规途径获得并经过当地卫生行政部门注册的，那么他们就有合法的执业资格。
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聘用关系：如果村医与乡镇卫生院签订了正式的聘用合同，并且该聘用过程符合当地关于招聘和管理医疗卫生人员的规定，那么这种雇佣关系也是合法的。
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变更注册：当村医从村卫生室变更为在乡镇卫生院工作时，需要向当地的卫生行政部门申请变更注册，以确保其执业地点与实际工作地点一致。如果村医没有进行必要的注册变更，则可能被视为非法行医。
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一体化管理政策：随着乡村卫生服务一体化管理政策的推进，很多地区正在将村医纳入乡镇卫生院统一管理，成为卫生院的“公职”人员。这意味着村医的身份转变为卫生院的聘用职工，在这种情况下，他们在卫生院工作也是合法的。
只要满足上述条件，村医在卫生院上班是合法的。不过，具体到不同地区可能会有不同的规定，建议查阅当地相关政策或咨询专业法律人士以获取准确信息。
