如果在使用“粤税通”小程序进行城乡居民医疗保险缴费时，遇到已扣费但提示清缴失败的情况，这可能由多种原因引起。需要确认几个关键点：
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确认是否真的扣费成功：有时候银行虽然已经扣款，但由于网络问题或系统延迟，导致缴费信息未能及时反馈到“粤税通”系统中，这种情况通常会在1-3个工作日内自动解决。如果确实发生了这种情况，银行一般会在3个工作日内原路径退回款项。
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检查个人信息的准确性：确保所有输入的信息（如身份证号、姓名等）都是正确的，并且与银行账户和医保系统中的记录相匹配。任何信息的不一致都可能导致缴费失败。
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账户状态问题：检查用于支付的银行账户状态是否正常，包括余额是否充足、银行卡是否处于可用状态（例如未挂失、未过期等）。若账户存在问题，需先解决问题后再尝试重新缴费。
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系统故障：有时可能是由于“粤税通”系统的临时故障导致的问题，可以尝试更换时间段再次操作或者联系相关部门咨询解决办法。
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重复扣费的可能性：如果是因为网络原因造成了重复扣费，银行也会在3个工作日内自动退回多扣的款项。
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查询应缴数据：如果查询到多条应缴数据，可能是由于参保人在省内不同城市办理了参保登记，导致有多个应缴记录。这时需要确认当前有效的参保地，并选择对应的应缴数据进行缴费。
针对上述情况，具体的解决步骤如下：
- 如果是因为系统延迟造成的反馈不及时，建议等待1-3个工作日后再次查询缴费状态。
- 若发现个人信息不准确，则需要更新个人资料，并通过“粤税通”或其他指定渠道重新发起缴费请求。
- 对于账户状态异常的情况，应该立即联系开户银行解决账户相关问题，然后再次尝试缴费。
- 遇到系统故障时，除了更换时间段重试外，也可以直接拨打当地社保局的服务热线寻求帮助。
- 如果是由于重复扣费的原因，耐心等待银行退款即可，同时注意不要急于重新缴费以免造成不必要的麻烦。
在处理此类问题时，保持耐心并仔细核对每一步骤非常重要。利用官方提供的服务热线或是前往当地的税务窗口获取面对面的帮助也是一种有效的解决方案。务必保证自己的参保权益不受影响，按时完成缴费以享受相应的医疗保障待遇。