吉大一院和吉大二院的心外科都有各自的优势，难以简单地评判哪家更好，以下是对两家医院心外科的具体分析：
医院综合实力
- 吉大一院：始建于 1949 年，是国家卫生健康委委属委管、教育部直属高校附属医院，国家区域医疗中心输出医院，国家研究型医院。在 2021 年度全国三级公立医院绩效考核国家监测指标考核全国第 17，连续四年考评级别为 A+。2022 年中国医院 “自然指数” 排行榜全国医疗机构第 28 位，在 2022 届中国医院竞争力顶级医院排行中位列全国第 42 位。
- 吉大二院：其前身是 1936 年建成的伪满洲国新京特别市立医院，是国家卫生计生委管理、教育部直属高校附属的现代化三级甲等综合性临床医学院。是吉林省首家国家级爱婴医院、全国百姓放心示范医院。
心外科科室实力
- 吉大一院：吉大一院未明确提及心外科为国家临床重点专科建设项目，但医院有 17 个国家临床重点专科建设项目，整体学科实力强劲。医院稳步开展心脏移植等器官移植工作，是吉林省唯一一家具有心脏移植资质、脑死亡判定质控合格医院，器官捐献与移植总量位列东三省第一，全国前十，在心脏移植方面的技术和经验处于国内领先地位。
- 吉大二院：心血管外科 2008 年与心血管内科共同被批准成为吉林省临床重点专科，2009 年成为吉林大学心血管疾病诊疗中心，2012 年成为吉林省唯一一家大血管疾病诊疗中心，并建立心血管疾病急救绿色通道。是东北三省首家大血管疾病诊疗中心，也是国内为数不多的大血管疾病诊疗中心，是吉林省心血管外科领域手术例数最多、手术难度最大的科室，在手术难度和成功率方面达到国内领先、国际先进水平。
专家团队
- 吉大一院：拥有众多优秀的心外科专家，其专家团队在心血管疾病的诊断和治疗方面有着丰富的经验和深厚的造诣，且依托医院强大的综合实力，在多学科协作诊疗方面具有优势。
- 吉大二院：科室现有教授 1 名，副教授 4 名，医师 2 名，博士生导师 1 名，硕士生导师 2 名，医学博士 4 名，医学硕士 3 名。学科带头人柳克祥教授在国内心血管外科领域具有较高的知名度和影响力，兼任多个学术职务。
医疗设备
- 吉大一院：医院诊疗设备精良，拥有国内外先进的核磁、CT 等诊疗设备。能为心外科疾病的诊断和治疗提供先进的影像学等检查支持。
- 吉大二院：拥有飞利浦 256 排极速 CT、日立 128 排 CT、E - CT、世界知名品牌核磁共振 4 台等先进设备。心血管外科拥有国际先进呼吸机 9 台，多功能有创、无创心脏监护仪 24 台，体外循环机 2 台，主动脉球囊反搏仪 1 台，血气分析仪 2 台、CRRT 2 台，ECMO 2 台、心脏除颤仪等先进设备，能满足心血管外科各类手术及术后监护的需求。
手术量
- 吉大一院：未明确公布心外科手术量，但医院 2021 年手术例数 19.2 万例，2022 年手术例数 9.1 万例，凭借其综合实力和患者流量，心外科手术量也较为可观。
- 吉大二院：心血管外科现每年完成心血管类手术 700 余例，其中冠状动脉旁路移植术 200 余例，各种心脏瓣膜置换 / 成形手术 200 余例，大血管手术近 100 例等，病种病例几乎涉及全部心血管外科常见手术。
总体而言，吉大一院在医院综合实力、科研能力以及器官移植方面具有优势；吉大二院在心外科的专科建设、大血管疾病诊疗以及专家团队方面表现突出。患者可以根据自己的实际情况，如地理位置、病情需要以及对医院的了解和信任程度等来选择适合自己的医院。