重庆三甲医院肛肠科比较好的有以下几家：
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重庆大学附属三峡医院：位于重庆市渝北区，是一家集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的大型综合性三级甲等医院。医院肛肠科拥有一支高素质的医疗团队，配备有先进的医疗设备，能够提供高水平的诊疗服务。
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重庆市中医院：作为一家中医医院，重庆市中医院在肛肠疾病的治疗方面有着独特的经验和方法。医院拥有一批经验丰富的中医专家，能够为患者提供个性化的治疗方案。
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陆军军医大学第一附属医院：位于重庆市沙坪坝区，是一家集医疗、教学、科研于一体的大型综合性三级甲等医院。医院肛肠科在国内享有较高的声誉，拥有一流的医疗设备和专业的医疗团队。
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陆军军医大学新桥医院：位于重庆市沙坪坝区，是一家集医疗、教学、科研于一体的大型综合性三级甲等医院。医院肛肠科在肛肠疾病的诊治方面具有较高的水平，能够为患者提供全方位的医疗服务。
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重庆大坪医院：位于重庆市渝中区，是一家集医疗、教学、科研于一体的大型综合性三级甲等医院。医院肛肠科拥有一支技术精湛的医疗团队，能够为患者提供高质量的诊疗服务。
以上排名不分先后，患者在选择医院时应考虑自身实际情况和医院的专长，以便得到最适合自己的治疗。患者可以通过医院官网、电话咨询等方式获取更多信息，以便做出更加明智的选择。