根据搜索材料和相关知识，甲状腺手术费用可以通过新型农村合作医疗保险（新农合）进行报销，但报销比例和具体条件可能因地区和医院等级而有所不同。以下是一些关键点：

1. 1.报销比例：根据搜索材料，甲状腺手术的报销比例在不同级别的医院有所不同。一般来说，二级甲等医院或三级甲等医院的报销比例在50%-65%之间镇卫生院的报销比率最高，为60%；二级医院的报销比率为40%；三级医院的报销比率为30%
2. 2.报销条件：甲状腺手术的报销需要符合新型农村合作医疗保险的报销范围，并且需要在符合条件的医疗机构进行手术通常情况下，选择二级甲等医院或三级甲等医院进行手术可以确保符合报销条件
3. 3.报销流程：报销流程通常包括携带有效证件（如身份证、户口簿等）至邻近的区县医保中心或街道（镇）医保事务服务点申请办理一些医院可能支持即时结算，患者可以在出院时直接在医院收费窗口办理报销
4. 4.二次报销：如果手术费用较高，可能需要进行二次报销。二次报销通常在新农合结算科或地社保局办理，需要提交相关医疗材料和报销申请

甲状腺手术费用可以通过新农合报销，但具体的报销比例和条件需要根据当地政策和医院等级来确定。建议在手术前咨询当地医保部门或医院，以获取详细的报销信息和流程。