西南医院肾科的特色治疗方法主要包括以下几个方面：
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肾脏内外科结合模式：在全国率先以肾脏为中心，构建了内外科结合的科室运转模式。这种模式能够充分发挥内、外科各自的优势，为患者提供更全面、更精准的诊疗服务。
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一体化精细管理：实现了肾脏内科、血液净化（血液和腹膜透析）、移植、康复一体化精细管理。对于慢性肾脏病患者，从病情监测、治疗到随访，都有专门的团队负责，确保患者在不同阶段都能得到最合适的治疗方案。
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先进的检查技术：开展了多项先进的检查技术，如自动活检枪B超引导下无痛肾穿刺活检术、肾脏病理及临床读片等。这些技术有助于医生更准确地了解患者的病情，为制定个性化的治疗方案提供依据。
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新型免疫抑制剂的应用：在治疗难治性肾病综合征和难治性狼疮性肾炎方面，采用了MMF及来氟米特等新型免疫抑制剂，取得了较好的疗效。
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血液净化技术的多样化：在血液净化领域，不仅开展了中心静脉导管包括长期静脉导管的留置建立血液通路，还应用于CRRT抢救大器官移植后多器官衰竭、选择性血浆置换治疗自身免疫性疾病等。
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特色肾移植技术：在肾移植方面，形成了高危病人肾移植术的特色和优势，尤其在儿童、低体重、高体重双肾移植、顽固频发心衰、老年、高致敏病人、亲体等高危病人的肾移植方面经验丰富。还开展了多项全国第一具有里程碑性质的新技术，如心肾联合移植、肝肾联合移植等。
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中西医结合治疗：部分专家擅长采用中西医结合的方法治疗各种肾脏疾病，如急慢性肾炎、肾功衰、肾病综合征等，取得了独特的疗效。
这些特色治疗方法和技术手段，使西南医院肾科在肾脏疾病的诊断、治疗和科研方面都达到了国内领先水平。