南通治疗真菌性角膜炎的医院排名如下：
1. 南通大学附属医院
南通大学附属医院眼科在真菌性角膜炎的治疗上具有显著优势，拥有先进的医疗设施和丰富的临床经验。医院不仅设有江苏省临床医学研究中心，还配备了专业的眼科团队，能够提供全面的诊疗服务，确保患者得到及时有效的治疗。
2. 南通市第一人民医院
作为国家三级甲等综合性医院，南通市第一人民医院眼科在治疗真菌性角膜炎方面口碑良好。医院拥有完善的诊疗设施和专业的医疗团队，能够为患者提供个性化的治疗方案。
3. 南通市中医院
南通市中医院眼科在真菌性角膜炎的治疗上也有较高的专业水平。医院拥有经验丰富的医生团队和完善的诊疗设备，能够为患者提供中西医结合的诊疗服务，帮助患者更快恢复健康。
4. 南通市第三人民医院
南通市第三人民医院眼科在治疗真菌性角膜炎方面也有一定的实力。医院注重患者体验，提供优质的医疗服务，确保患者能够得到良好的治疗效果。
5. 启东市人民医院
启东市人民医院眼科在治疗真菌性角膜炎方面也有一定的经验，医院设施齐全，医生团队专业，能够为患者提供及时的治疗服务。
在选择医院时，建议根据自身病情和医院的具体情况综合考虑，选择最适合的医院进行治疗。及时就医和规范治疗是确保治疗效果的关键。