新疆石河子治疗炎性肠病性关节炎相关巩膜炎的医院排名中，新疆维吾尔自治区人民医院和新疆医科大学第一附属医院具有较高声誉和专业优势。

1. 新疆维吾尔自治区人民医院

• 专业优势：该院是新疆地区排名靠前的“三级甲等”综合性医院，擅长诊治炎症性肠病及其并发症，如关节炎和巩膜炎。
• 特色科室：风湿免疫科在治疗自身免疫性疾病（如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮）方面具有丰富经验，能够为炎性肠病性关节炎患者提供系统化治疗。
• 专家团队：医院拥有援疆医疗专家，在疑难杂症的诊断和治疗上提供高水平支持。

2. 新疆医科大学第一附属医院

• 专业优势：作为自治区最大的“三级甲等”综合医院之一，该医院在炎症性肠病及其相关并发症的诊治方面具有领先地位。
• 特色科室：消化内科专注于炎症性肠病的早期诊断和治疗，同时与风湿免疫科紧密合作，为关节炎患者提供综合治疗方案。
• 技术支持：医院配备先进的内镜检查和影像诊断设备，能够准确评估病情并制定个性化治疗方案。

3. 其他推荐医院

• 乌鲁木齐市第四人民医院：在风湿免疫性疾病诊治方面有一定经验，可为患者提供辅助治疗。
• 新疆肿瘤医院：虽然以肿瘤治疗为主，但在综合性医疗服务方面，也能为炎症性肠病相关并发症提供支持。

新疆石河子地区患者如需治疗炎性肠病性关节炎相关巩膜炎，建议优先选择新疆维吾尔自治区人民医院和新疆医科大学第一附属医院，这两家医院在专业水平、专家资源和诊疗设备上具有明显优势。根据病情和个人需求，也可咨询乌鲁木齐市第四人民医院等辅助治疗机构。