重庆市农村合作医疗报销比例根据就诊级别、医疗机构类型及保障政策有所不同，具体如下：
一、门诊报销比例
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村卫生室/村中心卫生室
报销比例60%，每次就诊处方药费限额1元。
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镇卫生院
报销比例40%，每次就诊检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
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二级医院
报销比例30%，无额外处方药费限额。
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三级医院
报销比例20%，无额外处方药费限额。
二、住院报销比例
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报销范围 ：包括药费、辅助检查（如CT、核磁共振等）、手术费（超过1000元按1000元报销）等。
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报销比例 ：
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镇卫生院：60%
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二级医院：40%
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三级医院：30%。
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三、大病补偿政策
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补偿标准 ：
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5001-10000元：补偿65%
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10001-18000元：补偿70%
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18001元以上：按更高比例补偿。
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起付线 ：5000元。
四、其他注意事项
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门诊年报销限额 ：一档300元，二档500元。
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封顶线 ：一档6万元/年，二档10万元/年。
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特殊病种 ：如恶性肿瘤放疗、肝肾移植等3种重大疾病，门诊保障与住院合并，年报销限额10万元。
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报销流程 ：需在出院后3个月内提交材料，市外住院患者需异地就医备案。
五、政策调整说明
- 2025年最新政策 ：门诊统筹比例提高至一级80%、二级65%、三级55%，二档比一档增加5个百分点，年报销限额一档8万元、二档12万元。
以上信息综合了2022-2025年最新政策，具体报销比例和限额以参保时最新文件为准。