要取消新疆博尔塔拉蒙古自治州的医保自动扣款协议，您通常需要按照以下步骤操作：
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确认签约银行：首先确定是哪家银行为您办理了医保缴费的银行代扣服务。
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联系银行：联系您的银行，询问如何取消医保缴费的自动扣款服务。不同的银行可能有不同的流程，有的可能需要您去银行柜台办理，有的可能可以通过网上银行、手机银行或者电话银行来操作。
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准备必要材料：根据银行的要求，准备好必要的身份证明文件和相关资料。例如，您可能需要提供身份证原件及复印件、医保卡等。
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填写申请表：有些银行可能会要求您填写一份取消代扣服务的申请表。
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提交申请并确认：将填好的申请表和所需的其他材料提交给银行，并确保银行已经收到并处理了您的取消请求。
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检查账户变动：在规定的时间内检查您的银行账户是否有任何医保费用扣除的情况，以确认取消操作是否成功。
由于各地政策和服务细节可能存在差异，建议直接咨询当地社保机构或通过官方渠道如“新疆政务服务网”、“新疆医保服务平台”获取最新的指南和帮助。如果是在新疆维吾尔自治区本级或其他统筹地区，还可以关注自治区医疗保障局发布的具体办事指南，这些指南通常会详细列出每一步的操作方法。
请注意，上述信息基于一般流程，实际操作时应以当地社保部门或银行提供的最新指导为准。